Ο Ερμής ιδρύθηκε το 1928 στην Κοκκινιά και είναι από τους πιο παλιούς και ιστορικούς συλλόγους της χώρας.

Από το 1936 ζει και αναπνέει αθλητικά και κοινωνικά στον Κορυδαλλό με έδρα του την πλατεία Ελευθερίας, όπως αναγράφεται στο έγγραφο της τότε διοίκησης προς την κοινότητα Κορυδαλλού.

Από την περίοδο 1948-1949 συμμετείχε στα πρωταθλήματα της Ένωσης Ποδοσφαιρικών Σωματείων Πειραιά, με αντιπάλους τον Ολυμπιακό, τον Εθνικό, την Προοδευτική, τον Αρη Νικαίας κ.ά. δεδομένου ότι τότε δεν υπήρχαν Εθνικά Πρωταθλήματα, αλλά μόνο τοπικά πρωταθλήματα.

Οι πρωταθλητές των πόλεων με μεταξύ τους αγώνες έβγαζαν τον Πρωταθλητή Ελλάδος. Η συμμετοχή του Ερμή ήταν ισότιμη με αυτές των μεγάλων ομάδων όπως του Ολυμπιακού, του Παναθηναϊκού, της ΑΕΚ, κ.λ.π.

Σημαντικό γεγονός για την ιστορία της ομάδας, είναι η συμμετοχή του Ερμή στο 1o Δελτίο ΠΡΟ-ΠΟ της 1ης Μαρτίου του 1959.

Το 1980 μία παρέα αθλητών του σωματείου, ανέλαβε τις τύχες του. Ταυτόχρονα πρόσθεσε στα χρώματα του το σκούρο μπλε, και τον οδήγησε στον δρόμο των επιτυχιών.

Πρωταγωνιστώντας κάθε χρόνο στην κατηγορία αυτή και φθάνοντας τρεις φορές στον Τελικό του Κυπέλλου Πειραιά, κατάφερε το 2001 να κατακτήσει το πρωτάθλημα Πειραιά και να βρεθεί στην Δ' Εθνική κατηγορία μέχρι το 2010, στην οποία επανήλθε για άλλον ένα χρόνο το 2018.

Τα οχτώ χρόνια συνεχόμενης παρουσίας του στην Δ' Εθνική κατηγορία (σημερινή Γ' Εθνική κατηγορία), στα περισσότερα από τα οποία είχε πρωταγωνιστικό ρόλο, καταξίωσαν τον Ερμή ως έναν από τους πιο σοβαρούς και αξιόλογους ερασιτεχνικούς συλλόγους της χώρας, ενώ ταυτόχρονα το όνομα του έγινε γνωστό στο Πανελλήνιο.

Σήμερα ο Ερμής αγωνίζεται στην Α' Κατηγορία της Ε.Π.Σ. ΠΕΙΡΑΙΑ με έδρα του το "ΔΑΚ Κορυδαλλού" και με κεντρικό σύνθημα "με τα μάτια των παιδιών κοιτάμε στο μέλλον" συνεχίζει να πρωταγωνιστεί σε όλα τα επίπεδα χάρη στην αγάπη των φιλάθλων του και των ανθρώπων που τον διοικούν, όντας έτοιμος για νέες αθλητικές διακρίσεις διεκδικώντας την άνοδο του στην Γ' Εθνική κατηγορία.